Los microorganismos son seres microscópicos que pueden clasificarse en diferentes grupos según sus características estructurales y funcionales. La clasificación de los microorganismos en microbiología se basa principalmente en la organización celular, métodos de obtención de energía y complejidad estructural.
Las diferencias entre organismos procariotas y eucariotas son fundamentales para entender la diversidad microbiana. Los procariotas, como las bacterias, tienen una estructura celular más simple, sin núcleo definido ni organelos membranosos. Su material genético flota libremente en el citoplasma. Por otro lado, los eucariotas poseen células más complejas con un núcleo verdadero rodeado por una membrana nuclear y diversos organelos especializados como mitocondrias, aparato de Golgi y retículo endoplasmático.
El reino moneras y sus organismos comprende principalmente a las bacterias y arqueobacterias, siendo estos los microorganismos más antiguos y abundantes del planeta. Las características principales del reino moneras incluyen su naturaleza procariota, reproducción por fisión binaria, y gran diversidad metabólica que les permite habitar prácticamente cualquier ambiente. Algunas bacterias son autótrofas y pueden realizar fotosíntesis o quimiosíntesis, mientras que otras son heterótrofas y obtienen energía descomponiendo materia orgánica. Las cianobacterias, por ejemplo, son organismos fotosintéticos que fueron fundamentales en la evolución de la vida en la Tierra al ser los primeros productores de oxígeno atmosférico. La importancia de estos microorganismos es vital en los ciclos biogeoquímicos, la descomposición de materia orgánica, y en múltiples procesos industriales y biotecnológicos.