Conflictos internos: Comuneros y Germanías
Los españoles no aceptaron fácilmente a Carlos I, y estallaron dos rebeliones importantes que cambiaron la historia del país. La revuelta de los Comuneros (1520) fue la más importante: Juan Bravo, Juan de Padilla y Francisco Maldonado lideraron una rebelión que pedía echar a los consejeros flamencos y dar más poder a las Cortes.
La cosa se puso seria cuando formaron la Santa Junta de Ávila. Intentaron convencer a Juana la Loca para que se uniera, pero ella se negó. Cuando el movimiento se volvió antisocial, la nobleza abandonó a los comuneros y fueron derrotados en Villalar.
Paralelamente, en Valencia y Mallorca estallaron las Germanías - hermandades de artesanos y campesinos que se rebelaron contra los nobles. Este conflicto tuvo un componente religioso fuerte: atacaron a moriscos y mudéjares por apoyar a la Corona.
Consecuencia importante: Estas derrotas consolidaron el poder absoluto de la monarquía y acabaron con la oposición interna durante décadas.
Con Felipe II, los conflictos fueron diferentes: brotes protestantes, la muerte misteriosa del príncipe Carlos, la rebelión morisca de las Alpujarras y el famoso caso de Antonio Pérez, que acabó huyendo a Inglaterra y creando la "Leyenda Negra" contra España.